V současné době se projednává návrh novely vybraných ustanovení zákona o ochraně přírody a krajiny, které se týkají druhové ochrany. Důležitou změnou je oddělení prioritizace aktivní péče o ohrožené druhy a biotopy od zákonných zákazů u zvláště chráněných druhů. Pro stanovení priorit péče ochrany přírody se v novele nově navrhuje využívat červené seznamy, které odrážejí míru ohrožení jednotlivých druhů a nikoliv seznam zvláště chráněných druhů. Ten totiž vyjadřuje ochranitelnost jednotlivých druhů prostřednictvím zákonných zákazů, nikoliv ohroženost jednotlivých druhů a potřebu aktivní péče o ně. Zároveň se navrhuje i úprava názvů kategorií ochrany u zvláště chráněných druhů, tak aby odrážela míru ochrany druhů a nikoliv jejich ohrožení. Nově tak budou druhy rozděleny do I., II. a III. stupně ochrany. Aktivní péči (např. formou záchranného programu) tak bude možné zajistit také pro druhy ohrožené podle červeného seznamu bez ohledu na to, zda jde o druh zvláště chráněný.

Nejvýznamnější změnou zákona je nové pojetí druhové ochrany. Nově se zavádí také ochrana místních populací a ochrana biotopu druhu. Tato změna odráží požadavky jednotlivých druhů na odlišnou míru a formu právní ochrany v závislosti na jejich vlastnostech, nárocích, ale i důvodech ohrožení. Protože v případě některých ohrožených druhů je třeba chránit každého jedince, ale v případě jiných druhů postačí ochrana stanovišť a druhů na úrovni jejich místních populací. Příkladem může být třeba ochrana ohrožených druhů hmyzu. Tyto druhy obvykle vytváří početné populace, kdy ztráta jednoho nebo několika jedinců je pro většinu druhů zanedbatelná a nelze je tedy posuzovat obdobně jako ohrožené druhy obratlovců, kde je naopak ztráta každého jedince většinou závažným problémem.

Zároveň navrhovaná legislativní změna cílí také na posílení ochrany biotopů druhů a zvýšení vymahatelnosti této ochrany. Mezi ochranné podmínky bude u zvláště chráněných druhů zařazen zákaz ničení či poškození biotopu druhu a to i v době, kdy se na daném stanovišti konkrétní chráněný druh nevyskytuje.

Při výběru druhů mezi zvláště chráněné byla základním předpokladem vysoká míra ohrožení, ale i další kritéria. Zásadní bylo vyhodnocení smysluplnosti zavedení zákonných zákazů pro ochranu jednotlivých ohrožených druhů. 

Nově budou zvláště chráněné druhy zařazeny do tří kategorií ochrany s níže uvedenými ochrannými podmínkami:

I. stupeň ochrany

V této kategorii jsou zařazeny ty nejohroženější druhy. Tyto druhy jsou chráněny ve všech biotopech, v nichž se vyskytnou (přirozených i pozměněných). Všichni jedinci těchto druhů jsou chráněni před odchytem, trháním, likvidací, zabíjením, držením, rušením atd.  Veškeré činnosti, které mohou způsobit poškození jedinců těchto druhů, je možné provádět až na základě povolené výjimky. 

II. stupeň ochrany

Tato kategorie obsahuje druhy, které jsou chráněné ve všech biotopech, v nichž se vyskytnou (přirozených i pozměněných). Všichni jedinci těchto druhů jsou chráněni před odchytem, trháním, likvidací, zabíjením, držením, rušením atd. Do návrhu byly zahrnuty některé činnosti (jmenovitě běžné obhospodařování zemědělských a lesních kultur, doprava na pozemních komunikacích a průchod krajinou), které je možné provádět bez výjimky, ale pouze v případě, že nezpůsobí ohrožení nebo zničení místní populace druhu či poškození nebo zničení jeho biotopu. Jde o činnosti, u kterých již z povahy věci aktuálně dochází k zakázaným zásahům (typicky půjde o nevědomé usmrcení živočicha či zničení rostliny v rámci volného průchodu krajinou a dopravního provozu či poškozování chráněných rostlin při zemědělském obhospodařování pozemku), ty však nejde ani při dodržení principu předběžné opatrnosti úplně eliminovat a v praxi je zpravidla nelze stíhat. Navíc jde v případě vhodného obhospodařování pozemků často o zásahy potřebné pro dlouhodobé udržení některých druhů (typicky rostlin na loukách). 

III. stupeň ochrany 

Druhy zařazené v této kategorii vyžadují ochranu, ale ne na úrovni každého jedince. Jedná se o druhy, které nejsou ohrožovány přímou likvidací jednotlivých jedinců. Ochrana druhu je zajištěna na úrovni ochrany biotopu a místních populací. U vybraných druhů by pak vyhláška v rámci bližších ochranných podmínek specifikovala, že se ochrana může zúžit pouze na ochranu přirozeného biotopu a populací v něm se vyskytujících. Cílem stanovení takových bližších ochranných podmínek je vyhnout se případům, kdy by byla ochrana aplikována na zvláště chráněné druhy, které se vyskytují i v člověkem silně pozměněném prostředí např. saproxylický hmyz v hromadách pilin. Činnosti, které nevyžadují další povolení (běžné obhospodařování, činnosti v dopravě a rekreaci), je v biotopech těchto druhů možné provádět, pokud nezpůsobí ohrožení místní populace.

Seznam navržených druhů

Agentura ochrany přírody a krajiny ČR připravila indikativní seznam nově navržených zvláště chráněných druhů rostlin, hub a živočichů. V dokumentu jsou uvedeny jednotlivé druhy a odkazy na detailní informace na kartách druhů, návrh zařazení druhů do stupně ochrany a zdůvodnění zařazení na seznam zvláště chráněných druhů. Návrh revize zvláštní druhové ochrany přírody také shrnuje článek v časopisu Ochrana přírody.