Historicky byla řeka Morava v úseku dnešní CHKO z hlediska zarybnění jedním z nejbohatších toků ve střední Evropě, avšak postupem času, s rozvojem technických úprav toku, migračních bariér a s přibývajícím znečištěním vody rybích druhů výrazně ubylo.

Po roce 1990, s postupným zaváděním přísnějších norem pro vypouštěné odpadní vody, se kvalita vody v řece postupně zlepšovala a objevovaly se i druhy předtím vymizelé (např. ouklejka pruhovaná), případně populace jiných druhů, dříve jen skomírající, výrazně posílily (např. parma obecná, ostroretka stěhovaná).

Dalším významným faktorem podporujícím rybí populace jsou postupně připravované a pomalu již i realizované revitalizace vodních toků (např. již dokončena akce „Revitalizace Moravy u Štěpánova“). Revitalizace stabilních stojatých vod (tůně, mokřady) mají bohužel pro vzácnou rybí faunu jen velmi slabý význam, a to díky rychlému obsazení těchto biotopů invazním karasem stříbřitým, jehož přítomnost v těchto (nevypustitelných) lokalitách prakticky blokuje obnovu původních ichtyocenóz aluviálních tůní (např. lokalita Lubná v k.ú. Pňovice, PP Bázlerova pískovna nebo tzv. staré mokřady v PP Chomoutovské jezero). Toto je ovšem problém celorepublikový.

V současnosti žije v CHKO Litovelské Pomoraví asi 35 druhů ryb, a relativně nedávno byla objevena i mihule potoční. Dominantně se tu objevují druhy typické pro tzv. parmové a cejnové rybí pásmo, v toku Moravy v horní části CHKO se však objevují i prvky pásma lipanového, případně pstruhového (vranka obecná, lipan podhorní, pstruh obecný). Z hlediska ochrany ryb jsou nejcennějším biotopem neregulované, meandrující úseky Moravy, poskytující útočiště jinde v naší krajině již dlouhodobě mizejícím reofilním druhům ryb, které se zde, díky přirozené morfologii toku, i samovolně reprodukují a vytvářejí početné populace (parma obecná, ostroretka stěhovavá, ouklejka pruhovaná a řada dalších).