Fauna savců odpovídá většinou druhům běžným pro obdobný typ biotopu, ze vzácnějších druhů možno uvést zejména stromové druhy letounů, kteří vyžadují pro svůj život staré doupné stromy. Zajistit dostatek tohoto ubývajícího typu biotopu, jak pro dutinově hnízdící ptáky, tak pro xylofágní hmyz, houby, mechy, lišejníky .. ale i pro letouny, je jednou z priorit péče o lesy v CHKO.

Jeskyně na Třesíně (Podkova i Mladečské jeskyně) jsou významným zimovištěm letounů, nejčastěji zde lze nalézt vrápence malého, netopýra velkého, černého nebo brvitého. Vzácněji se objevuje např. i netopýr vodní nebo ušatý.

V oblasti se stabilně vyskytuje vydra říční a bobr evropský, který zde byl vysazen v rámci repatriačního programu mezi lety 1991 – 1992 a i v roce 1996. V blízkosti vodních toků lze s trochou štěstí pozorovat i rejsce vodního – drobného hmyzožravce, na první pohled podobného bělozubkám, hbitého plavce, který se živí vodními bezobratlými a drobnými rybkami a obojživelníky.

Zajímavostí posledních let je objevení se šakala obecného. Tento druh přirozeně postupuje postupně od Středomoří na sever a v oblasti CHKO byl poprvé spatřen pravděpodobně v roce 2019 (PP Hvězda), a od té doby již několikrát znovu (nejvíce v oblasti Třesína).